Sejak berdirinya tahun 1975 kantor Otmilti III Surabaya sudah mengalami beberapa kali perpindahan, yakni:
a. di Jl. Krembangan Barat No. 71 Surabaya saat ini menjadi cagar budaya dengan tanah dan bangunan Cq. Kodam V/Brawijaya. Ditempati sampai dengan tahun 1979 bersama dengan Mahkamah Militer Tinggi (Mahmilti) III Surabaya;
b. di Jl. Mayjen Sungkono No. 236 Surabaya saat ini menjadi lokasi perhotelan. ditempati sejak tahun 1980 sampai dengan 2003 bersama dengan Mahmilti III Surabaya, Oditurat Militer III-12 Surabaya dan Mahkamah Militer III-12 Surabaya; dan
c. Sejak 2003 sampai dengan saat ini berdiri di lahan seluas 24,250 m2, berkedudukan di Jalan Bundaran Tol Waru, Bungurasih Utara, Waru Sidoarjo. Pada awalnya ditempati oleh Mahmilti III Surabaya, Oditurat Militer III-12 Surabaya dan Mahkamah Militer III-12 Surabaya. Namun sejak tahun 2006 saat Mahmilti III Surabaya berubah menjadi Pengadilan Militer Tinggi (Dilmilti) III Surabaya dan Mahkamah Militer III-12 Surabaya berubah menjadi Pengadilan Militer (Dilmil) III-12 Surabaya yang secara organisasi berada di bawah Mahkamah Agung. Sehingga berpindah ke berpindah ke Jalan By Pass Juanda, Sidoarjo dan saat ini hanya ditempati oleh Otmilti III Surabaya dan Otmil III-11 Surabaya.